人都会被判刑，当然，没有人在被俘之后愿意承认自己屠杀过华人，但社团对大屠杀时所有在马尼拉的西班牙人都会进行宣判，所有的军官、官僚大多会判处死刑，即便是普通士兵，也会进行长达十年以上的劳动改造，与奴隶无异。

这次进攻吕宋，这个原则依旧会被践行，想来，圣地亚哥城中有很多洗脱不了嫌疑的人，他们绝对不会选择投降，更何况，在宗教、个人财产等问题上，社团的原则也很苛刻。

让圣地亚哥城堡投降的办法只有一个，那就是里面的人绝望，绝望的人要求特别低，只需要保住性命即可，什么宗教、财产、刑罚，都是可以接受的，而让其绝望的方式很多，比如长时间的围困，或者是都督区的抛弃。

李明勋更倾向于第二种绝望，其实他和城中的西班牙人都很清楚，四月份，新的菲律宾总督会赶到，那是谈判的重要契机，那些西班牙人很清楚，新的总督带不来救援他们的兵力，但是却有资格与李明勋谈判，或许圣地亚哥城堡支撑不到王国的援军到来，但是足够支撑到谈判的结束。

在李明勋和林谦接管马尼拉地区之后，炮声响彻了马尼拉湾，不仅是阿布凯城和甲米地，圣地亚哥城堡也一样，陆军缴获了大量的西班牙的重炮，从二十四磅到十八磅的都有，而且有大量的火药和炮弹，这些弹药火器与社团兵工厂的并不一样，不好混杂使用，索性用于对城市的炮击。

圣地亚哥城堡每天都在炮击中渡过，但是社团从未发动过真正的进攻，除了构筑炮垒运送弹药之外，陆军最重要的就是通过挖掘之字形壕沟到城堡附近，用臼炮轰击维修城堡的西班牙人。

隆武二年二月中旬，在得到了全部的赦免之后，圣安东尼奥堡投降，甲米地再无战事，造船厂可以为社团军舰修理服务，五日后，黎牙实比投降，二月的最后一天，八打雁投降，只有阿布凯城爆发了惨烈的围城战，高锋用十二门二十四磅重炮轰塌了阿布凯城的城墙，攻入其中，城中大部分人被杀死，成为了社团在吕宋岛最惨烈的一战，这一战持续到了三月的中旬。

而在二月初吕宋岛大部分的种植园和庄园都接受了行政长官区的派遣官员，西班牙奴隶主已经逃走，种植园中的奴隶和庄园其他财产被社团派遣的官员接收，而对西班牙人聚集的村镇，则是直接进攻，唯一例外的是偏远地区的巴朗圭，社团仅仅派遣使者要求他们交出西班牙人委任的封君，便没有其他动作，既没有承认各个巴朗圭的相对独立的自治地位，也没有要求他们效忠或者赋税，毕竟在社团的规划中，这些巴朗圭都是种植园奴隶的主要来源地。

吕宋行政区在海陆两军的配合下，用两个月的时间控制了吕宋岛上所有的重要城市、城堡和村镇，抓捕、驱逐了所有的西班牙人，而对摩洛人（土著天主教徒）和野蛮土著部落则采取放任自流的政策，等战争彻底结束再进行处置。

而只有两种人得到了善待甚至重用，首先是马尼拉本地的华人，大屠杀过去了七年，马尼拉又有许多华人定居，只是人数增长太慢，毕竟出洋谋生的华人拥有台湾这个最好的谋生地，马尼拉只有不到两千人的华人，他们迅速充斥了行政长官区的重要的行政岗位，而另外一种人则是华人混血，比如荣耀堡附近的乙峨罗地族人，他们就是曾经攻击马尼拉的大海盗，林凤率领的华人后裔，林凤失败后，部分人逃往海外，而很多人逃进山林，与本地土著结合，形成了乙峨罗地族人，这些华人混血土著迅速成为本地募兵的优先选择。

这为后来的吕宋社会阶层的划分奠定了基础，华族、华族混血、土著、宗教土著便是未来吕宋由上而下的四大阶层，分别承担的不同的税收和权力标准。这也给社团以及后来的联邦对外拓殖构筑了一个范本，在殖民时代一直被推行，并且影响深远。

隆武元年三月中旬，一艘马尼拉