，随后命令明东江总兵今后旅顺卫以东公文用东江总兵印、以西公文用辽东督师印，还制定了东江镇营的镇江城、旅顺卫，归复辽东都司管辖被明东江总兵拒绝。

之后明蓟辽督师就亲自来到东江镇，各兵列队登岸迎接就连明东江总兵也出迎，他站在岸边欢笑着并询问道“不知袁督师大人，打算何时出兵啊？”谁知明蓟辽督师回答道“明日即可出兵北伐。”刚说完就悄悄地让明先锋参将谢叁，带兵围绕在二位大人身边挡住东江明军。

然后明蓟辽督师就问道“自我任命督师以来人人服我，唯独你不从？念你有功我不怪你！”话音刚落还没等明东江总兵反应过来，明先锋参将就让伏兵按住明东江总兵开始摘去朝冠脱去朝服，而明东江总兵依旧继续反抗。

此时明蓟辽督师就列出十二条罪名既；大将在外，必命文臣监。尔专制一方，军马钱粮不受核，一当斩。（监军是祖制毛文龙是得到皇帝批准的，而且军马方面也向朝廷诉说过是合法的，这条属于强加之罪！）、人臣之罪，莫大欺君。尔奏报尽欺罔，杀降人难民冒功，二当斩。（检查首级本就是袁崇焕当时所做之事，这条完全就是污蔑！）、人臣无将，将则必诛，尔奏有牧马登州卫取南直隶易如反掌语，大逆不道，三当斩。（这条不过是毛文龙的诱敌之计而且得到朝廷认可的，倒是袁崇焕私自与后金议和没有汇报朝廷！）。

每岁饷银数十万不以给兵，月止散米三斗有半，侵盗军粮，四当斩（袁崇焕自己封锁东江镇八个月不给钱粮物资，还说毛文龙有饷银完全就是诬告！反倒是袁崇焕私吞了朝廷给林丹汗的赏赐，估计林丹汗被后金打败就是因为这个原因？）、擅开马市于皮岛，私通外番，五当斩。（毛文龙开马市，是得到先帝明熹宗批准，新帝明毅宗也没说什么，况且东江镇有几十万难民，却只发几万人的粮饷，不想办法能行吗？反倒是袁崇焕违命资敌，卖粮食给漠南蒙古，要知道当时漠南蒙古可是后金的附属国，相当于直接奈粮食给小冰期时代的后金军，《明史记事本末补遗》有载。）、部将数千人悉冒己姓，副将以下滥给札付千，走卒、舆夫尽金绯，六当斩。（家丁制度不是崇祯朝兴的连天启朝都不是，主将养私兵早就成例了，而且毛文龙死后核定兵员，袁崇焕还要求增加饷银！另外袁崇焕杀了毛文龙，也没见东江镇明军有什么异动，倒是袁崇焕一下狱关宁军祖大寿就跑了，这样看来关宁军的表现才更像私兵！）。

自宁远卫还，剽掠商船，自为盗贼，七当斩。（驻守东江镇八年来朝庭的饷银不够用，就只能靠自己作生意赚点钱养兵民，至于抢盗商船最多也是个别将领，怪不得毛文龙！）、强娶民间女子，不知纪极，部下效尤，人不安室，八当斩。（自古以来男女之事最难说，毛文龙强取民女有何证据？袁崇焕说毛文龙私自娶部下的女儿为妾？但袁崇焕也在前线纳小妾，不也同样犯罪了吗？）、驱难民远窃人参，不从则饿死，岛上白骨如莽，九当斩。（朝庭给的饷银，连毛文龙死后哭丧的费用都不够！而且东江镇难民居多军队也时常饿肚子，不作生意能活吗？最主要的是袁崇焕断了粮、禁了海，不想办法就这样活活饿死！）。

辇金京师，拜魏忠贤为父，塑冕旒像于岛中，十当斩。（当时朝廷官册可没记载有任何关于毛文龙给魏忠贤修生祠的事，他袁大人又在哪个岛上看见魏忠贤的塑像了？完全就是睁眼说瞎话的污蔑，反倒是袁崇焕在魏忠贤当政时，就曾上书请修生祠可是朝廷人尽皆知之事铁证如山，甚至还拍魏忠贤的马屁拍上天了。）、铁山之败，丧军无算，掩败为功，十一当斩。（相对的袁崇焕打的『宁远卫大捷』觉华岛7千明军和商民7千人都被后金军杀戮，粮料8万余石和船2千余艘都被后金军焚烧，主岛作为明帝国关外的后勤基地都被后金军摧毁了！袁崇焕还不是厚着脸说是明军大捷？）。