这个时候朝廷才知道经略、巡抚两人不和！心想；定会坏了边疆大事！群臣们奏章纷纷讨论此事，明南直隶兵部尚书就劝明辽东巡抚除掉明辽东经略。

此时南方永宁宣抚使奢崇明，自称「大梁王」发兵包围城嘟府而城内只有镇远营明军7百人，明蜀景亲王朱志澎，急令明四川布政使朱燮元，全力抗击又调石柱宣慰司和龙安府等地军队抵抗，得到明熹宗夸奖升朱夑元为四川巡抚，并调明山东按察司佥事杨愈茂，为四川总兵率明军出征。

同时明一品诰命夫人亲率川军白杆兵4千人进驻南坪关，明贵州巡抚李标，则派明铜仁府总兵张彦芳、明贵州总兵许成名、明贵州都指挥使黄运清，等援救四川承宣布政司从10月至12月之间，打了大小百余战才消灭土司兵1万3千人，先后收复了遵义府、绥阳县、湄潭县、桐梓县、乌江县等地。

另外叛军大梁王奢崇明，之子奢寅，在城嘟府造云梯和吕公车日夜攻城，明一品诰命夫人等各路明军到达城嘟府后，与明登莱副使杨述程、明安锦副使刘芬谦，打败叛军于牛头镇又收复了新都县。

明天启二年公元1622年明刑部员外郎徐大化，配合明辽东巡抚弹劾明辽东经略，并把奏章发给各部被明熹宗拒绝，正好遇后金军逼近西平堡，朝廷才停止了争议命他们共同抗金而西平堡被围！明辽东巡抚听信了明广宁卫中军游击孙得功，的计策发动了广宁卫全部兵力让明广宁卫中军游击和明靖东营中军游击祖大寿、明甘肃总兵会合前去作战。

明辽东经略也令明盘山参将刘渠，拔营支援但在平阳桥遭遇后金军，刚一交锋明广宁卫中军游击和明广宁前屯卫参将鲍承，首先逃跑导致镇武堡、闾阳堡的明军也被打败，明盘山参将、明甘肃总兵在沙岭战死！明靖东营中军游击逃往觉华岛，西平堡守军等地援军跟明西平堡参将黑云鹤，也战死！

当时明辽东经略已离开广宁右屯卫去驻军闾阳堡了，此刻明山东布政司左参议邢慎言，就劝他急救广宁卫却被明宁远卫指挥佥事韩初命，给阻挠住他认为现在回去就是送死？

于是明辽东经略就撤回来，而后金军却在沙岭停了下来不敢向前走害怕有伏兵？就让明辽东巡抚的心腹爱将早已偷偷投降后金的孙得功，去活捉明辽东巡抚献功，机智的他在城内对军民们谎称后金军已到城下，吓得城内军民们各自逃跑。

明广宁卫左参政高邦佐，阻挡不住军民就跑去广宁卫指挥所里找王巡抚，然而明辽东巡抚正关门处理军务毫不知情？明振武营参将江朝栋，推门而入时还被明辽东巡抚大声训斥，只见明振武营参将直接喊道“王巡抚大人不好了！东虏杀入城了，事情危险请速撤离！”

不知所措的明辽东巡抚被扶上马逃走，来到大凌河时遇到了明辽东经略被嘲笑道“王巡抚大人好厉害啊？6万军队就可以把敌人一举歼灭现在怎样呢？”感到惭愧的明辽东巡抚就建议驻守宁远卫和广宁前屯卫。

但明辽东经略却说道“已经晚了！现在只有保护百姓撤入山海卫去。”说完就把5千士兵交给明辽东巡抚殿后，并把全部积蓄烧了撤军，由明辽东经略和明宁远卫指挥佥事一起护送难民入关。

随后明辽东巡抚王化贞、明辽东监军道高出、明兵科给事中胡嘉栋，等将领也先后入关，只有明宁远卫左参政高邦佐，一人无言以对拔刀自杀！后金入城时孙得功率领广宁卫明军投降被纳入（镶白旗）当中军游击。

此刻后金天命汗爱新觉罗·努尔哈赤，抢掠广宁卫、广宁中卫、广宁左卫、广宁右卫、广宁前卫、广宁后卫、广宁后屯卫、广宁中屯卫、广宁左屯卫、广宁右屯卫、广宁中左守御千户所。

并接连入侵漠南蒙古哈喇慎部占领明军放弃的义州卫、平阳桥、西兴堡、铁场堡、小凌河、锦安堡、团山堡、镇宁堡、镇远堡、镇安堡、镇静堡