使司与京师辖地直属于六部，布政使品秩改为从三品、参政为从四品。

又以大都督府权力太大了，在废丞相制度的同时，为防止军权的过分集中，也废除了大都督府，改为（中、左、右、前、后）五军都督府，分别管理京师及各地都司卫所。

五军都督府各设左、右一名都督（正一品官职）、都督同知（从一品）、都督佥事（正二品）以中军都督府断事官为五军断事官。

不久又置五军都督府十卫参军府，设左、右参军，之后五军都督府各设左、右断事2人，提控案牍1人，为从九品。

明太祖还分封24个儿子为亲王爵，除了26子朱楠，早死之外！长子明懿文皇太子朱标、二子明秦愍亲王朱樉、三子明晋恭亲王朱棡、四子明燕武亲王朱棣、五子明周定亲王朱橚、六子明楚昭亲王朱桢、七子明齐恭亲王朱榑、八子明潭文亲王朱梓、九子明赵哀亲王朱杞、十子明鲁荒亲王朱檀、十一子明蜀献亲王朱椿、十二子明湘献亲王朱柏、十三子明代简亲王朱桂、十四子明肃庄亲王朱柍、十五子明辽简亲王朱植、十六子明庆靖亲王朱栴、十七子明宁献亲王朱权、十八子明岷庄亲王朱楩、十九子明谷宣亲王朱橞、二十子明韩宪亲王朱松、二十一子明沈简亲王朱模、二十二子明安惠亲王朱楹、二十三子明唐定亲王朱桱、二十四子明郢靖亲王朱栋、二十五子明伊历亲王朱?，其余朱姓亲戚旁支都封为〈郡王爵〉但是皇侄明靖江郡王朱守谦，除外他是郡王爵位却领着亲王俸禄和待遇。