部车驾清吏司主事沈敬，进行讯问确实没有动用过金牌、信符的证据，但明武功伯仍判于谦和王文两人阴谋未遂，继续被关押在大理寺中。

被夺官职的于谦大笑着道“这是石亨他们诬告你的意思罢了，辩解又有什么用呢？”

审判奏折上呈过后，明英宗还有些犹豫，虽然之前京师保卫战中于谦曾不让自己入京，可那毕竟也是不得已而为之！便有些叹息的说道“王卿可以斩，可于卿乃是有功之臣，这样平白无故杀之恐怕不好吧！况且当初京师保卫战以及抗击北虏，保了大明半壁江山社稷，如今却…。”

此话立马被明武功伯给打断，还进言道“不杀于谦，那陛下您复辟这件事就成了出师无名的了！”才让明英宗的主意便改变。

正月23日在大理寺狱中的于谦与王文两人被押往外城崇文门外，就在这座他曾经拼死保卫的城门前，得到了他最后的结局～斩决，史称〈阴霾四合天下怨之，京郊妇孺无不泣洒。”

但是明遂溪县教谕吾豫，却趁机上奏朝廷说道“像于谦这样的罪应该灭族，于谦所推荐的各部文武大臣都应该处死。”最后在刑部坚持原判这才停止了杀戮，由明南北镇抚司东厂锦衣卫千户白琦，请求写上他的罪行，刻板印刷在全国公布，一时要讨好皇帝争取宠幸的人，全都以于谦作为一个话柄。

2月初1日明英宗经过一番处理之后，才想起来废明代宗为「郕亲王」迁之西苑内，还贬明代宗生母皇太后吴氏复为「宣庙贤妃」、废明汪皇后复为「郕亲王妃」、削明孝肃杭皇后谥号为「孝肃杭侧妃」、改明怀献太子朱见济，为〈怀献世子〉皆称为皇太后制行之，又有明礼部右侍郎汤序，奏请皇帝陛下革除景泰年号，被明英宗拒绝未允。