并传令免去在京升任授官的面谢礼，此后明神宗朱翊钧，视朝次数越来越少！

3月16日因云南承宣布政使司永昌军民府一带，之前招募了川、楚、粤，三处亡命之徒为兵，分立在腾冲卫、姚安中屯守御千户所两营。

以明大理府副总兵刘綎，统领腾冲卫军营，明楚雄府副总兵邓子龙，统领姚安中屯守御千户所军营。

由于结果两营主帅持功骄傲不服对方，再加上管理范围有冲突，导致两营发生斗殴事件，地方官员上报朝廷明神宗又因二将皆有功而视之不见。

仅仅只是把刘副总兵调走，换了明永昌军民府副总兵刘天俸，上任他本人属于地方土司血统再加上性格暴躁，经常放纵士兵欺负百姓被抓。

于是就让明楚雄府副总兵邓子龙，来兼管两营，但明楚雄府副总兵却偏袒自己的老部下姚安中屯守御千户所军营，苦的累的活都让腾冲卫军营来做。

吃饭的时候姚安中屯守御千户所军营的膳食，更是腾冲卫军营的两倍，结果导致姚安中屯守御千户所军营养成了骄奢的习惯，因索要军饷不成而造反，叛军毕竟是职业军人，所以战斗力极其强大。

他们在教场上面树起大旗，杀掠居民，抢夺马匹，声称要赏银，并聚众一路往西杀入永昌军民府永平县因城门尽闭不得入，再加上大理府大罗卫、洱海卫，两处明军追击而来，迫使叛军转入大理府太和县，沿途剽掠军民。

消息很快就引得明黔国公兼太子太保沐昌祚，明云南巡抚兼都察院右佥都御史萧彦，一起督兵夹击斩杀八十四人，俘获六百八十人，叛军不得已诈降，败逃云南府安宁州、武定军民府、姚安军民总管府。

4月初7日广东承宣布政使司南雄府始兴县僧人李圆朗，在朔源村下洞水宝庆庵内造妖书，煽动人心，言有易死还生，先天演禽及剪纸为人马之术。

夜间则飞动并飞劫杀人诸秘法，诡称韶州府翁源县人王子龙，为齐冲天将军兼金统帝黄巢，之后，有金统帝遗产十二窑，愿从者可瓜分之。

又称王子龙乃弥勒降生，子丑年天有大灾，鬼将食人，捐资自投者给米符可免。

就这样经过一番舆论准备之后，妖僧李圆朗，就与王子龙聚集南雄府始兴县、韶州府翁源县两地白莲教徒数百人，开始发动武装造反，并分兵到处杀害富商祭旗鸣金，又出兵攻打南雄府附近县城，声势甚大。

受到了广东承宣布政使司南雄府官员重视，集结好乡兵进行镇压，王子龙被抓斩首，妖僧李圆朗则在4月初9日，被明督察院右都御史兼南赣巡抚秦耀，俘虏五马分尸。

4月20日，明兵部尚书赵焕，根据明都察院左佥都御史兼福建巡抚周寀，的建议以福建承宣布政使司漳州府沿海居民贩海通倭寇为由，规定东、西二洋，各派船只四十四艘，不得超过限额。

6月初6日，北直隶河间府沧州、静海县、吴桥县，一带运河地区刮起大风，漕船互击淹溺二十三人，失去漕米三千一百五十七石。

同时明云南巡抚萧彦，调集云南都指挥使司的滇军以及土司兵，对叛军进行围剿，于6月11日彻底平定，明楚雄府副总兵邓子龙，也因此被调去广西承宣布政使司。

9月17日明建州左卫军民指挥使爱新觉罗·努尔哈赤，在解决了建州女真栋鄂部问题之后，因有栋鄂部首领栋鄂·何和礼，前来率部投降，再加上建州女真苏完部首领瓜尔佳·索尔果、建州女真雅尔古部首领佟佳·扈尔汉，均率部来降使得建州左卫军民指挥使司兵力大增。

当即决定厚待来投诸部女真首领，对苏完部首领瓜尔佳·索尔果，长子瓜尔佳·费英东，授封为「一等大臣」在把台吉爱新觉罗·褚英，长女爱新觉罗·东果，许配给栋鄂部首领栋鄂·何和礼，在收雅尔古部首领佟佳·扈尔汉，为养子赐姓〈觉罗