最终朝廷议定将杨应龙革职，由其长子明播州宣慰使司同知杨朝栋，代理职务，暂时羁押其次子明播州宣慰使司都事杨可栋，为人质，等杨应龙如数缴纳罚款再行释放。

8月初2日，明建州左卫军民镇抚使爱新觉罗·舒尔哈齐，首次带领建州女真左卫使团前往京城朝贡。

这次回来经历让他大开眼界，看着中原地区的繁华景象，在想想建州左卫军民指挥使司的蛮荒部落地区，让他开始对自己屈居在兄长的属下地位感到不满，他希望有朝一日能够当上建州女真左卫军民指挥使。

他还对中原先进的农耕文明和汉文化产生了浓厚兴趣。

为此还特意在京城订制了一件汉服，并且亲自穿着汉服入朝觐见大明天子，朝中的文武百官们见状，纷纷夸赞这是建州女真八部里面最有汉文化之人了，穿着冕服的明神宗朱翊钧，也很赏识明建州左卫军民镇抚使，赐了许多金银珠宝给建州女真左卫朝贡使。

另外明礼科给事中杨天民、明都察院四川道监察御史牛应元，曾奏“建文年号，不宜革除，值会纂修国史之时，当更正洪武三十二年至洪武三十五年年号，以复建文元年、二、三、四，的四年之旧。”

礼部议从其议，明神宗亦表示同意，于9月16日诏以建文朝附国史《太祖本纪》末，复其年号。

10月17日，兵部考选军政，明神宗下令说“其中有许多副千户，未经奏请即署秩正四品官职（卫指挥佥事）？”

于是，下令严厉责备大臣们徇私、兵科不检举揭发，又责备五城御史抄太监客用家时不称旨，责备客用的财产私藏于明崇信伯费甲金，家而刑部拷讯无实。

最后又移怒于南北两京六科、监察道御史官，责其失职，闭口不言。

为此先后将两京中的；兵部武选清吏司郎中、兵部给事中、兵部员外郎、兵部主事、十三道监察御史等文臣武将，三十余人尽罢斥为民，数十人或被降为杂职，或被贬级调外、发配边疆，或仃支俸一年。

明内阁首辅赵志皋、明东阁大学士陈于陛、明吏部尚书沈一贯，及九卿各自上疏救援，明兵部尚书石星，还请自己罢职以宽被害诸臣，但明神宗皆不听。

反而还惹得明神宗严治诸臣的圣旨频烦下达，举朝无不震惊，史称「军政之狱」。

11月10日，被留在四川承宣布政使司重庆府的明播州宣慰使司都事杨可栋，突然病死在明军监视中。

消息很快就传开来，杨应龙得知自己二子死去的消息，就怀疑是大明官员毒害的？他当即拒绝缴赎金，实际上朝廷东部战线未稳定不可能在挑起争端，为此又激起了朝廷的猜忌。

但沉浸在丧子之痛中的杨应龙，却未必会这样认为。

他要求地方官归还次子杨可栋，的遗体，而官方以尚未完成勘报为由拒绝，并敦促播州宣慰使司继续缴纳赎罪金。

这使得杨应龙大怒，直接丢下一句“假如吾的儿子复活，银子就能送来。”

随后就率部驱使一千多名僧侣，举行招魂仪式，驰返播州宣慰使司，他认为这样可以把次子的灵魂带回故乡。

明万历二十四年公元1596年6月24日，明府军前卫副千户仲春，疏请开银矿，以助重建坤宁宫、乾清宫，两大殿费用。

明神宗得知后马上降旨，命户部和北镇抚司锦衣卫队各派一人同明府军前卫副千户一起开采，其中明户科给事中程绍、明工科给事中杨应文，各上疏谏阻，可明神宗根本不听。

于是明户科给事中上奏说道“自嘉靖二十七年七月命采矿，至嘉靖三十六年十二月的尽十年间，先后委官四十余人，派防兵一千一百八十人，俸粮、器械、铅、炭，所费计银三万余两，而开矿所得只有银二万八千五百余两，得不偿失！”

然而自从明府军前卫