结果李氏朝鲜三道水军统制使李舜臣，首先将海峡内的民用船只侨装成战舰，以此来扰乱倭军，使其以为李氏朝鲜水师船队已经恢复过来。

他自己则亲率14艘战船引敌深入鸣梁海峡，在成功引诱倭军进攻后，李氏朝鲜三道水军统制使随即便发起了集中的攻击，对准倭军指挥舰攻去，结果歼灭了倭军指挥舰和其他战船2艘，并击毙幕府第四军水师河野家督大名来岛通总。

同时间潮水开始退却，李氏朝鲜船只趁势进攻，倭军船只却因失去主帅，军心散涣，只得顺潮向东撤退，但却遇上了李氏朝鲜三道水军统制使事先埋下的铁索和木桩，使其无法退却。

结果李氏朝鲜水师全力拼杀，击毙倭军十数人，击杀三岛水军的大将幕府风早郡领主得居通年，并挫败倭军水师力量，史称「鸣梁海战」。

12月初1日，援朝明军追击倭军至尚庆左道蔚山都护府，各路明军接连获胜，倭军节节败退。

明万历二十六年公元1598年正月23日，明军开始攻打蔚山都护府，以明宣武卫游击将军茅国器，率领的南军作为先锋，展开凌厉的攻势，并迅速突破了蔚山都护府城门，把幕府第一军左副将兼主计头加藤清正，率领的军队围困在岛山城。

然而明都察院右佥都御史兼朝鲜经略杨镐，却徇私将马上突入岛山城的南军部队换成了辽东军前去攻城，结果失败，丧失最佳战机。

此时因为幕府第八军正三位参议毛利秀元、幕府第三军甲裴守黑田长政，等倭军的援兵突然赶至，让明军们大为震惊。

恰逢天又下起了大雨，明军火器无法使用，瞬间解了幕府第一军左副将部队之危难。

这时候明朝鲜经略又指挥失误，下令仓促撤军，策马率先赶奔京畿右道汉城府，明备倭总兵麻贵，继而赶之，一时间大部分明军皆溃败。

让明军被倭军反击遭受了极惨重的损失，倭军方面守城所用兵力一万三千人，战后所余一万人，减员在三千人，推算死者应当超过千人。

只有驻守在忠清左道忠州牧的明海防副总兵吴惟忠，与驻守在尚庆右道星州牧的明宣武卫游击将军茅国器，两人负责断后，倭军在解围后暂退以保住胜果。

此事明朝鲜经略杨镐，与明蓟辽总督邢玠，却向大明朝廷谎报前线大捷。

但当时明军各营将领却欲向朝廷上报，士卒死伤二千的事，这使明朝鲜经略大怒，按而不报，只称死伤百余人。

这事却被明兵部主事丁应泰，得知战败后，亲至明朝鲜经略军帐处商议应对计策，但一向得意的明朝鲜经略竟然出示明吏部尚书兼武英殿大学士张位、明东阁大学士沈一贯，的手书扬扬自得。

也让明兵部主事愤而向朝廷上报战败事实，明内阁首辅赵志皋，得知消息后欲保杨经略，决定暂时不逮捕他，但亦遣官查察。

2月初6日，明蓟辽总督招募了江西都指挥使司水师，并以海路运兵以作持久之计。

4月初4日，漠南蒙古泰宁部首领孛儿只斤·炒花，联合漠南蒙古察哈尔土蛮部攻入辽东都指挥使司沈阳中卫抢掠八日。

为此在4月15日，明辽东总镇总兵李如松，点齐兵马亲自率领三千辽东骑兵冲锋杀敌，并且命明辽东总镇右参将李平胡，负责策应自己。

怎奈双方大战明军胜利，又成功追击漠南蒙古骑兵到浑河时，还没见援军出现！最终辽东铁骑火器弹药和箭镞用尽只能近战拼杀，却遇伏击战死！

正当这两支漠南蒙古军队围上来时，才被后续赶到的明辽东总镇右参将给打退，消息传入京城之后，朝廷追封战死沙场的明辽东总镇总兵李如松，为（宁远伯兼太子太保）。

5月初9日，朝廷调回攻略李氏朝鲜王国尚庆左道蔚山都护府失败的明朝鲜经略杨镐，新增兵力给于明御倭副