都指挥使司、广宁卫两地马市以及义州卫木市兴废经过，并以事关辽东都指挥使司边防，请朝廷尽快商议对策，以决大计。

又以明朵颜卫指挥使董长昂，等人纳降并请开复市，被明神宗许其奏请。

同时辽东都指挥使司关外的建州女真八部，自明建州左卫军民指挥使爱新觉罗·努尔哈赤，起兵之后，势力就不断壮大，他还开始创立了八旗制度。

所谓的八旗制是由牛录制扩充而来的，一牛录为三百人，首领称（牛录额真）汉译「佐领」、五牛录为一甲喇，首领称〈甲喇额真〉汉译［参领］、五甲喇为一固山，首领称｛固山额真｝汉译〖都统〗。

每一固山额真有特定颜色之旗帜，当时建州八部军共有四个固山额真，分；红、黄、蓝、白，四种颜色之旗帜。

明万历三十年公元1602年2月13日，明皇太子朱常洛，成婚纳太子妃郭倩，其费银达二百万两。

2月16日，明神宗因饮酒过度，加之一刻熬坏了身体突然患病，急召诸大臣至紫禁城仁德门，又命明内阁首辅沈一贯，单独入启祥宫，明神宗对他说道“朕病沉重，前兴矿税，是出于修建三殿、二宫之需，非长久之策，自今开始，矿税、江南织造、江西烧造，俱止勿行，所遣内监，俱令回京。”

当晚宣读上述诏书，并说道“对此命令，如有奸恶截阻，以及驿递应付迟慢者，指名参处。”

可是到了次日，明神宗却转危为安，马上就反悔，还下令收回诏书，但明内阁首辅不能止，明司礼监太监王义，正在明神宗身边，遂力争道“圣言何可反汗！”

然明神宗不思己过，反而大怒，欲亲手杀死王义，但明司礼监太监也不畏死，还进一步力争，反对明神宗收回成命，终因为时已过晚，无济于事了！

此后诸大臣、言官们都请罢矿税之疏不绝，可明神宗皆不理，税使们也依旧肆虐如故。

2月21日，因明江西税监潘相，及其随行人员恣横不法，引起公愤，致使江西承宣布政使司饶州府景德县万余名瓷工发动暴乱，摧毁瓷器厂，烧税署，打死明江西税监爪牙陆太守，还断了江西税监官员的饮食。

待明江西税监逃走之后，为了让人背锅就诬奏明饶州府通判陈奇可，让他被逮捕下狱。

3月22日，明云南税监杨荣，横征暴敛，肆害官民，作恶多端，激起了云南承宣布政使司腾越州人民首先奋起反抗，杀死了明云南税监委官张安民，焚毁税厂，史称「腾越州民变」。

事后明神宗下令逮捕，真正首恶，依律处治，并经廷臣们一再请求，罗列杨荣罪状以定民心，无辜族人才免遭株及。

明万历三十一年公元1603年4月11日，户部上疏请令有司奉行一条鞭法，既酌量征收以充公费，不得佥派里长，挨月轮直，以滋苛刻。

1库役不许佥派民间富户充当。2不许于预备仓库佥编计级看管。3条鞭所载供应上官及过往使客，俱有定额，不许分外巧立富民、义民名色，借以供应。4条鞭夫马，岁有定额，输银在官，而雇役于民，不许遇夫马紧急，再于粮上重纳。5不许以保甲人户充迎送、色摄罪犯、打卯应差。6不许省祭义民充勾摄管工承委之役。7不许派民当行价值半给，支领衍期。8不许有司于罚赎之外，横肆科罪，折银充索。9征银不许粮甲串同保歇吏书任意侵没，征粮不许粮长串同吏书花户任意折乾，官收官解，则严禁火面。10通行江南直隶府州县，将一应田土查核见在户名，征粮之日，先行开派，定限收纳，拖欠者坐名查比，以免赔累。11凡内库之生绢、阔布，俱照光禄寺料银，供用库麻、蜡，改从官解。

这十一条在户部奏疏呈上后，得到明神宗批准可其请颁行。

5月初7日，明神宗册封蜀府朱奉爵，为隆昌郡王、唐府朱器增，为宝庆