神宗命北镇抚司锦衣卫提骑逮问王邦才、李获阳，因此激起了边民们的大哗。

由此明蓟辽总督蹇达，立即上书揭露了明辽东矿监税使的反间计罪状，明神宗得知后始命高淮回京，而以明通湾税监张晔，兼领其事。

6月19日，年老体迈82岁米寿之年的前任明辽东总镇总兵兼宁远伯李成梁，致仕正式下岗，由明蓟州总镇总兵杜松，代替其职。

6月26日，李氏朝鲜光海君以权署国事的名义，派遣了李氏朝鲜礼曹参议李好闵，等使臣赶赴大明帝国求赐封。

但大明礼部与明神宗却坚持认为李氏朝鲜光海君的合法性不足，要派遣官员去李氏朝鲜王国调查，可李氏朝鲜礼曹参议则辩解称；先王长子李氏朝鲜临海君李珒，已中风，无法继承王位！

于是大明礼部又要求李氏临海君让贤的奏文，果然明神宗随后就派遣了明辽东都指挥同知严一魁、明自在州知州万爱民，进入李氏朝鲜王国展开调查。

这两个官僚非常爱钱，为此李氏朝鲜光海君便准备了数万两白银贿赂他们，同时让他的表叔李氏朝鲜刑曹参判金礼直，强迫李氏朝鲜临海君向大明钦差们回答预定的内容。

明辽东都指挥同知等按套路到乔桐驿，向李氏朝鲜临海君问话，待完成使命后便返回大明，回奏朝廷称；李氏朝鲜临海君果真有病不能继承王位。

8月初9日，因云南都指挥使司滇军与地方土司兵联合围攻之下，叛贼首领郑举、叛贼伪武定府知府阿克，两人兵败被俘送至京师问罪。

同时朝廷还以失武定府印玺罪为由，逮捕了明云南总镇巡抚陈用宾、明云南总镇总兵兼黔国公沐叡，下大理寺狱论死，实乃可悲之事！

12月11日，兀良哈部朵颜卫进犯大明帝国北直隶顺天府蓟州，大肆劫掠军民住宅区，明蓟州左参将马栋，不能低御。

还在大明禁卫骑兵以及蓟州卫、营州右屯卫、营州后屯卫、兴州左屯卫，援军所至，居民们望见天空中明军交战时火器打出来的火光，以为是敌军将至？纷纷大惊各自逃入京城，每日多达数万人，致使京师内外城九门尽闭，帝都开始戒严。

而明兵部尚书李化龙，请以白银三十万两填补蓟州镇缺饷，并修军械器具，户部则以国库告乏，请暂借内务库矿税银，定期补还。

明神宗不许借用内务库银，而命发太仆寺马价银十万两、户部银十万两，才让蓟州卫以及蓟州镇军心稍定。

此刻朵颜卫见明军有备而来，且久攻不下损失惨重，大多数朵颜军被明军火器打伤，便开始撤兵但明军追击时还趁势杀了袄儿都指挥使司漠南蒙古河套部151人，让漠南蒙古河套部首领拱菟，怀恨再心伺机复仇。

12月18日，明建州左卫军民指挥使爱新觉罗·努尔哈赤（佟·努尔哈赤）首先是责令三弟明建州右卫军民指挥使爱新觉罗·舒尔哈齐，放弃自立为王的念头，重新归附到建州女真三卫麾下，但被拒绝了。

在劝说无效的情况下，他决定断然采取了强硬措施。

在明万历三十七年公元1609年3月初7日，明建州右卫军民指挥使的两个儿子（长子爱新觉罗·阿尔通阿、三子爱新觉罗·扎萨克图）两人均被明建州左卫军民指挥使派兵诛杀，包括明建州右卫军民总旗纳拉·武尔坤，也被处死。

但明建州左卫军民指挥使的余怒还未消，仍打算将他的次子爱新觉罗·阿敏，处死，只是在自己的第八子爱新觉罗·红歹是（爱新觉罗·皇太极）等人的极力求情下，才逃过一劫免于一死，不过他的一半家产被没收。

面对兄长咄咄逼人的姿态，明建州右卫军民指挥使开始复仇出发，谁知战败！失去了继续抗争的勇气。

他知道自己的实力远远不如兄长，而且他所指望的靠山，驻扎在辽东都指挥使司的明军，也