9年初，蒙巴顿被任命为新建的“凯利”号驱逐舰（hs kelly，f01）舰长。1939年8月23日，“凯利”号加入现役。9月3日英国对德国宣战，第二次世界大战爆发。“凯利”号奉丘吉尔的命令，前往法国，将温莎公爵夫妇接回英国。1939年10月，“凯利”号奉命北上挪威海域，为英国和挪威之间的hn和on运输船队护航。在这段时期，蒙巴顿发明了被称为“蒙巴顿粉红”的海军迷彩。1940年3月9日，在从苏格兰前往卑尔根的on17护航队中，“凯利”号和南下的hn17护航队中的“廓尔喀”号驱逐舰在挪威沿海的大雪天气中发生碰撞事故。两舰受损都不严重，各自驶到了原定的目的地。在船坞中检修时发现，“廓尔喀”号舰尾的螺旋桨保护架将“凯利”号的舰首戳开了一个口子。英国海军部对这次碰撞事件进行了讯问，但由于当时海面状况恶劣，因此两舰舰长都没有受到处罚。1940年5月9日，蒙巴顿率领第五驱逐舰分队在英吉利海域巡逻，接到巡逻机发回的报告，称发现一支德国布雷船队。蒙巴顿闻讯后率“凯利”号、“坎大哈”号（hs kandahar）以及“大斗犬”号驱逐舰（hsng）去搜捕敌舰。当天晚上23点45分，德国海军s31号鱼雷艇向“凯利”号发射了两枚鱼雷，将其炸伤。在“凯利”号大修的时间里，蒙巴顿将旗舰转移到“标枪”号（hs javel f61）驱逐舰以指挥第五驱逐舰分队，在11月和德国海军发生战斗，“长矛”号受创，而德舰无一损失，蒙巴顿因此受到指责。1941年4月，第五驱逐舰分队调到地中海。在5月的克里特战役中，“凯利”号在5月23日上午遭到大批德国飞机轰炸，最终被炸沉，128名舰员遇难，包括蒙巴顿在内的38人幸存。“凯利”号沉没后，蒙巴顿奉命前往美国，就任“光辉”号航空母舰舰长。当时该舰正在美国大修。1941年10月，蒙巴顿被丘吉尔召回英国，被指定为“联合作战司令部”的领导人，负责制订两栖联合登陆作战的计划。蒙巴顿被提升为海军准将，并在1942年被同时授予海、陆、空三军的中将军衔。蒙巴顿的职权包括担当联合作战的技术顾问；负责训练计划，创办训练学校；研究各种联合作战战术，从小规模突袭到大规模两栖作战；指导和监督联合作战所需技术装备的研制和发展。蒙巴顿担任联合作战司令后，对德国目标发动了一系列的突袭，包括1941年10月用伞兵摧毁挪威瓦格索的重水工厂；1942年2月袭击法国沿海的德国雷达站；1942年3月对德国占领下的法国圣纳泽尔港的突击；以及同年5月英国和南非军队在迭戈苏亚雷斯港实施登陆，对维希法国统治下的马达加斯加岛进行“预防性占领”。 1941年6月22日苏德开战后，以及美国参战后，斯大林不断要求英国和美国在西欧大陆开辟“第二战场”。为了进行登陆战术验证，同时向苏联表明盟国尚没有实力开辟陆上战场，丘吉尔指示联合作战司令部，设法在法国北部搞一次较大规模的两栖登陆突袭。突击计划在1942年5月拟好，当时的行动代号叫“开辙犁行动”（oeration rutter），后来改成了“50年节行动”（oeration jubilee），突袭的地点选在了法国北部的迪厄普。1942年8月18日上午10时，蒙巴顿下令开始实施登陆行动。由于情报泄露、准备不充分等多方面原因，登陆部队在8月19日上岸后不久即被德军击败。1943迪厄普突袭失败后，为掩盖盟军在西西里岛登陆的企图，英国海军情报处展开了代号为“肉馅”的欺敌活动，诱使希特勒认为盟军的下一步目标是占领撒丁岛以及希腊。蒙巴顿配合海军情报处的行动，亲笔撰写了欺敌行动所需的信件。西西里登陆成功后，蒙巴顿和丘吉尔前往加拿大的魁北克，参加美英首脑的“四分