永乐以后，由于天气转寒，农耕不济，致使边境逐渐南移。明中期，随着蒙古复振，边境再次内迁，并修建长城以防御蒙古，在长城沿线设九边重镇加强防御，长城也成为当时农耕区与游牧区的界线。

朱元璋置辽东都司经营辽东，后朱棣招抚女真部落，于1411年设奴儿干都司，共辖130多个卫所。

1435年明宣宗撤回在奴儿干的流官驻军，至万历年间卫所增加至384个。

晚明，后金崛起后逐渐进占辽东。

东北邻国高丽于元明之际大肆扩张领土，通过招谕、剿杀、驱赶女真部落，使本国疆域不断向北推进，1393年朱元璋内迁铁岭卫，默许取代高丽的李氏朝鲜占据鸭绿江以东、图们江以南的地区。

明初于西北先后设有哈密、沙州、安定、阿端卫、曲先、赤斤蒙古、罕东左等卫，明朝西北疆界涵盖今新疆。

1472年，哈密卫被吐鲁番攻陷，后于1482年兴复。

弘治年间三失三复，1528年后嘉峪关以西皆为吐鲁番所据。

1370年，吐蕃宣慰使何锁南普等率吐蕃诸部归降，后于青藏地区设乌思藏、朵甘卫指挥使司。

在完成藏区的统一后，明太祖要求藏民输马作赋、承担徭役，或蒸造乌茶、输纳租米，强调“民之有庸，土之有赋，必不可少”。

1407年，明成祖派遣刘昭、何铭等人前往藏区设置驿站，1414年，又遣中官杨三宝往藏区招谕各土官恢复驿站，经多年努力终使往来西番的驿道安全畅通。

1382年，明军平定云南全境，除正式府州外另设有三宣六慰，永乐年间増设底兀刺、大古刺、底马撒三个宣慰司，统治范围包括今缅甸、老挝大部及泰国西北部抵达孟加拉湾，明朝中后期这些地区多放弃或为周边国家所并。

1406年，明军进攻安南，最南边达到日南州一带。

次年明朝设置交趾布政使司，安南正式成为明朝的一个行政区，下设府十五、州四十一、县二百零八，共得三百一十二万人民。

1427年明朝罢交趾布政使司，放弃安南。

安南再次脱离中国独立，建立后黎朝。

1540年，莫登庸请降，明朝将安南国降为安南都统使司。

1553年葡萄牙租借澳门，获得停泊船只权，1557年取得居留权，葡萄牙人要向明政府交付租金，明朝依然拥有澳门主权。

1624年荷兰殖民者进入台湾南部，筑热兰遮城。1626年西班牙殖民者进入台湾北部。1642年荷兰赶走西班牙，占领台湾大部。

1661年，郑成功进攻台湾，次年驱逐荷兰人，设承天府，辖天兴、万年二县。

1376年改行省为承宣布政使司，但习惯上仍称“省”。

1370年于各省设置一都卫，1375年改为都指挥使司。

1427年弃安南后，明朝在全国设置两京十三布政使司，包括北直隶、陕西、山西、山东、河南为北五省、南直隶、浙江、江西、湖广、四川为中五省、广东、福建、广西、贵州、云南为南五省。

共设置十六都司、五行都司、二留守司。

其中十三个是与布政使司同名的都司，其它三个是万全都司、大宁都司和辽东都司。

五行都司是陕西，治甘州卫，今张掖、四川，治建昌卫、湖广治郧阳卫、福建治建宁府、山西治大同府。

两留守司是洪武年间设置的中都留守司和嘉靖年间置于承天府的兴都留守司。

此外，在的青藏地区设有乌思藏都司、朵甘都司；在东北女真部落设奴儿干都司，下辖131卫，至万历年间增至384卫。

另有置于嘉峪关以西地区的西北八卫，以上均属羁縻卫所，与内